故事开始于一个光天化日之下的日本东京，一场诡异的交通事故引发了一系列的事件。科学搜查班（ST）的各位成员开始跟踪调查，试图找出这一连串事件的真相。在这个过程中，他们发现了一个名叫镝木彻的天才黑客，似乎是整个事件的幕后操纵者。然而，事情并不像表面看起来那么简单，ST的领导者赤城左门成为了嫌疑人。 赤城坦然认罪，但他的团队成员不相信他所供述的事情。于是，青山翔、结城翠、黑崎勇治、山吹才藏等ST的成员开始自己的调查，试图揭开事件背后更深层的真相。百合根友久也加入了调查，他相信赤城是被冤枉的。 故事中充满了悬念和反转，观众将跟随ST的成员一起解开谜团，逐渐揭示事件背后的真相。赤城的越狱和再次现身让故事更加扑朔迷离，而科学搜查班的成员们将面临前所未有的挑战。
