《东京卍复仇者》故事的主角非常的倒霉，他做所有的事情都并不是一帆风顺的，而且他所住的地方又是极其老破旧的公寓中，他从电视上发现了自己在初中时的前女朋友因为受到了黑恶势力的争斗被杀害，在过了一段时间之后，他来到了月台等候车辆的到来，却一不小心掉进了铁轨之中，他已经身怀绝望不过在最终回身之后，他发现自己穿越到了12年前的初中时代

在穿越之后他遭遇到了这名，女孩的弟弟也告诉他，弟弟12年之后会发生的事情，告诉弟弟要保护好姐姐，最终在两个人相互妥协之后，主人公再次回到了属于自己的时代，开始了复仇的道路。故事的剧情讲述了主人公想要脱离控制的故事，但他却经历了浑浑噩噩的生活，出师不易也让他对生活放弃的希望，最终世界穿越改变了主人公的生活方向。