电影《芳龄十六》聚焦于主人公薇薇恩，一位年仅十六岁的少女，她的生活被困在一个像监狱一样的寄宿制学校Vestalis学院里。在这所学院里，女孩们被灌输要保持身体的纯洁，培养女性的美德，而她们被告知，总有一天会被体面的家庭收养，离开这座看似安全的堡垒。然而，她们被告知外部的空气充满了剧毒，因此不能离开学院。

一切都改变了当薇薇恩重新与曾经的朋友索菲娅相遇。两位女孩决定一起进行危险的探索，试图揭示学院背后可怕的真相。随着他们的调查的深入，他们逐渐发现了学院的秘密，而这些秘密可能会威胁到她们的生命。